Cocoonで「Highlighting Code Block」がいつのまにかうまく動作しなくなっていたので解決方法を残しておきます。
目次
Cocoonの「高速化」→「JavaScriptを縮小化する」が原因
原因は、Cocoonの「高速化」→「JavaScript縮小化」の「JavaScript縮小化」するにチェックを入れると発生することがわかりました。

対処方法:縮小化しないにprism.jsを追加する
「JavaScript縮小化」に「prism.js」を追加することで無事解決しました。

prism.js
以上、
今回の記事が、あなたの問題解決につながると嬉しいです!